应该为患儿做仔细的全身检查，注意消毒隔离。
可使用转移因子、匹多莫德等，以增强免疫力。
抗病毒药物，干扰素注射。
冷冻、激光或手术治疗。亦可外用药物如5%咪喹莫特霜。传统的冷冻、激光等疗法虽可治疗儿童尖锐湿疣，但这些疗法复发率高，且常因治疗痛苦大，患儿不易配合，疗后出现的的创伤、感染、瘢痕、畸形等不良反应。
心理调理
如果是性虐待或是性暴力导致的，要对儿童进行心理的辅导。
经治疗，大多数病例疣体可在几个月内消退。由于尖锐湿疣复发率很高，因此只有坚持正确、系统的治疗，才能有效控制尖锐湿疣的亚临床感染和隐性感染，减少或根除复发。
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