椰子油中含有一定数量的脂肪和胆固醇，适量食用不会对身体造成不良影响，但长期大量吃，身体吸收过多的胆固醇，就容易让血液中胆固醇数量增加，导致心血管疾病，有增加心血管疾病和中风的风险，严重的会加重人体心脏负担，诱发心脏病。
椰子油是会引起过敏的，所以过敏体质的人不宜吃，以免出现流鼻涕，嘴巴发痒，皮疹和荨麻疹等过敏反应，严重的甚至会导致过敏性休克。
椰子油中维生素的含量比较低，而且它含有的一些成分还能抑制人体对维生素c的吸收，时间长了以后会导致人体吸收维生素c不足，时间一长就会影响到身体免疫力。
椰子油是一种性质微寒的食材，食用后会对肠胃产生刺激，会让人类的胃肠粘膜受到一定的不良影响，使得其消化功能减弱，严重时还会让食用者出现腹痛、腹泻以及恶心呕吐等多种不良症状。
