佛手瓜性质比较温和，阴虚体热以及身体虚弱的人应少吃，以免加重体内的湿热之气，引起不适。
一些胃部疾病以及胃溃疡的人也不宜多吃佛手瓜，以免引起胃痛或病情加重。
佛手瓜在种植的过程中会喷洒药物来防虫，其果皮上会残留农药、灰尘等物，所以食用前，尤其是生吃时，一定要先清洗干净再吃，最好是用淡盐水浸泡会，以免引起不适。
佛手瓜应挑选表面光滑、茸毛软的购买食用，这样的吃起来比较嫩，口感更好。如果瓜皮上留有少量的刺已发硬，佛手处有种子突出表面，则表示瓜已老熟，这样的尽量别选。
