巧克力囊肿患者虽然能够正常排卵，但囊肿会导致输卵管机械性堵塞和粘连，影响卵巢的正常排卵功能，破坏卵巢组织，如双侧卵巢癌使卵巢的大部分组织破坏，甚至是患者营养。影响受精卵或胚胎的输送。所以其不孕的发生率较高。因此卵巢巧克力囊肿会引起输卵管堵塞，从而造成不孕。
巧克力囊肿轻则只会引起疼痛和月经不调，重则由于囊内压力过高，轻微的动力就会引发囊肿破裂导致感染弥漫性腹膜炎，流至盆腔的血就会刺激腹膜，导致剧烈疼痛，并且会引起盆腔粘连。如果囊肿导致导致输卵管堵塞就会引发不孕的危险。因此，要密切观察囊肿的情况，如果囊肿增大到3-5cm以上就要引起重视了，要尽快进行巧克力囊肿剥脱术，否则一旦自发破裂后果将不堪设想。
巧克力囊肿囊壁通常较脆弱、没有弹性，经血逐渐增多聚积，导致囊内的压力愈发增高，比较薄弱的囊壁就有自发破裂的倾向。囊肿破裂后，如果破口较小就可以很快自行愈合并与周围的组织形成粘连;如果破口较大则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液就会流入腹腔。这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎造成致命的后果。
巧克力囊肿随着时间的增长而不断增大，囊内积血增多、压力再次增大时，从而有可能发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，从而导致盆腔器官的粘连。女性患有内异症经常会出现月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，从这可以说明患者有卵巢功能障碍表现，所以要格外注意。
如果有卵巢巧克力囊肿的话，那么月经是肯定会受到一定的影响的。月经受到的影响一般就是月经的周期会被打乱，还有就是月经的量也会和之前不正常。有的是越来越少有的则是越来越多，但是不管是属于哪一种都是不正常的。而且有一部分患者在每一次来月经的时候都会感觉到有比较明显的痛经症状。
异位在阴道穹窿部子宫内膜结节、直肠凹陷结节、粘连或卵巢粘连盆底时，就会导致性交痛。异位在阔韧带后叶病灶增生、收缩明显，压迫输尿管，出现泌尿系统症状。
由于巧克力囊肿发生扭转或者破裂的情况，出现阵发性剧烈的腹痛，而囊肿会压迫邻近生殖器官的尿路系统，使女性出现尿频、便秘的现象，也有一些患者会发生周期性血尿的情况。
巧克力囊肿是一种非常高发的妇科疾病，对女性身体的危害也很大，如果您不幸患病了一定要及时就医，不要一拖再拖，一定要重视起来!
