如附睾头和体以及尾段的缺如，输精管的一段或者完全的缺如，还有输精管与附睾不连接，附睾和输精管或者精囊发育不全等，这些都会造成输精管堵塞的发生。
常见的先天异常有：输精管先天未发育或发育不良、附睾发育异常，精囊不发育、前列腺和射精管发育不全、苗勒管或中肾管囊肿等。
附睾结核很快会感染到输精管，使输精管增粗、变硬，并呈现串珠样改变，最终使附睾、输精管功能完全丧失。
来自输精管道本身或邻近器官肿瘤压迫所致管腔不通，也是造成输精管堵塞，造成男性无精症的原因之一。
常见的肿瘤有：附睾肿瘤、精囊肿瘤、前列腺肿瘤等。
长期存在泌尿生殖系统感染疾病尤其是淋病及衣原体感染，没有及时去治疗，在炎症的长期刺激下，也会造成输精管堵塞的发生。
患者有手术、损伤的病史。如疝修补术、精索鞘膜积水、精索静脉高位结扎术、睾丸和隐睾手术等误扎或损伤致输精管管腔梗阻。输精管造影也可诱发或加重输精管梗阻、堵塞。
