氨基酸奶粉可以解决婴儿乳糖不耐受问题，迅速减轻胃肠道症状。适用在有严重过敏的婴儿。适合一岁以内婴儿，一岁以上婴儿也可服用;也可专门针对食物蛋白过敏、多种食物蛋白不耐受症的患儿，作为饮食治疗使用。
氨基酸奶粉是防过敏奶粉的一种，是部分水解蛋白的婴儿奶粉，通过专门的蛋白水解工艺，把高致敏性的普通牛奶蛋白变成低致敏性的小分子蛋白，从而减少宝宝过敏的风险。通过特殊工艺把牛奶中的蛋白质降解处理后成为肽链，以降低蛋白的过敏原性。致敏程度的高低取决于肽链的长短，降解程度越深，致敏性就越低。
高度水解配方奶粉是指将大分子的牛奶蛋白变成短肽及氨基酸结构，无致敏性。蛋白质水解后其蛋白的分子量小于1500，一般都用作治疗性饮食来降低牛奶蛋白过敏。这种防过敏奶粉可使用于过敏的治疗及预防，避免牛奶蛋白的过敏。但高度水解的配方奶粉有苦味，宝宝大多都不喜欢，而且这种奶粉的价格会比较昂贵。
蛋白质水解后，其蛋白的分子量大于3500，主要适用于牛奶蛋白过敏及其他食物引发过敏的预防性饮食。一般而言，部分水解配方奶粉价格比高度水解配方奶粉便宜一些，而且这种奶粉的口味比较好，宝宝更容易接受这种奶粉，但这种防过敏奶粉的牛奶蛋白仍有残余抗原性，所以不适合用于治疗牛奶蛋白过敏者。
