经常灌肠使本来就很脆弱的肠道正常菌群造到破坏，而且不正规的灌肠也可能对肠倒造成机械损伤，甚至肠穿孔。并且灌洗液中的大便流出时很容易污染尿道和阴道。
如果经常洗肠，还会使我们肛门括约肌更为松弛，以致对便意的敏感性更差。经常洗肠容易引起肠道菌群混乱，导致肠道功能紊乱，引起腹部胀气、腹泻等症状。
灌肠治疗疾病其好处是药物可以直接被肠道吸收，不伤胃，吸收好。见效快。而坏处是能最快的破坏肠道环境。如果对药物过敏，很难处理。另一方面灌肠的痛苦比较大，所以如果不是很严重，建议最好不要灌肠。
1、灌肠前了解病变部位，以便选用适当的卧位和插入肛管的深度。
2、为提高疗效，灌肠前嘱病人先排便，掌握“细、深、少、慢、温、静”的操作原则，即：肛管细，插入深，液量少，流速慢，温度适宜，灌后静卧。
3、肛门、直肠、结肠等手术后病人，排便失禁者均不宜作保留灌肠。
