肾结石的成因如下：
尿液中缺乏可抑制矿物质粘结成结晶体的物质或含量极低
尿液所含矿物质(钙、草酸、磷酸盐、尿酸或胱氨酸)较其所能稀释的份量为多
患有囊性肾病、尿道感染和其他代谢疾病等其他病症
此外，以下多种风险因素亦可增加患上肾结石的机会：
饮食因素包括水份摄入量过少及摄入过多盐份、含草酸的食物(如花生、杏仁、草莓、茶和咖啡)和含嘌呤的食物(如动物内脏、贝类)
环境因素如居住于炎热地区而经常大量出汗但水份摄取量过少，以致尿量减少及尿液中的矿物质增加
遗传因素包括肾结石的家族病歷，会增加形成结石的风险
肾结石依据组成成分不同，有很多种，肾结石的种类也会依照环境、饮食习惯、体重、遗传等因素有所不同，林口长庚肾脏科教授颜宗海曾在文章中指出，最常见的叁种肾结石分别是：
草酸钙结石：尿液呈酸性(低PH值)。坚硬、不容易碎，粗糙、不规则、棕褐色带白色物质。
磷酸钙结石：尿液呈碱性(高PH值)。容易碎，粗糙、不规则、灰白色、黄色或棕色。
尿酸盐结石：尿液持续酸性。坚硬、光滑、颗粒状、黄色或棕红色。
其中草酸钙结石、磷酸钙结石就佔了患者的85%以上，又以草酸钙结石患者佔大多数。
血尿：部分肾结石患者只有轻微、甚至是肉眼难辨的血尿，透过尿液检查才能发现尿液带血，而有血尿症状的患者很可能并没有任何疼痛产生。
尿液混浊、发烧：结石若是受到感染，採集的尿液中可能混有白血球，形成脓尿，结石感染造成的肾盂肾炎也会导致发烧。
背部、腹部疼痛：由于肾脏黏膜没有能够感觉到痛的神经，通常肾脏中的结石不会疼痛，但是尿液累积在肾内造成水肾症，会引起剧烈疼痛。而肾脏因此肿大，也会造成背部、腹部疼痛。
其他症状：肾结石常见的症状还有腰痛、盗汗、噁心、呕吐、烦躁不安、腹部闷痛、血尿等。若合併尿路感染，也可能出现畏寒、发烧等现象。
