当水流从山坡流下时，有些溶解了岩石的水流能够通过山体缝隙到达山洞顶部，然后慢慢渗出形成水滴。水蒸发时，水滴中溶解的物质会重新从水里分离出来，于是洞顶便会出现石灰岩沉淀。慢慢的，沉淀越来越多，在洞顶就会形成乳头状，这就是刚“出生”的石钟乳。经过更长的岁月，随着石灰质的淀积，石钟乳也在慢慢长大，有的甚至可以达到几米长。石笋和石钟乳往往是双胞胎，水从洞顶滴下，其中含有的石灰质在地面积淀，逐渐往上生长起来，就形成了犹如破土而出的石笋。由于水滴是先经过洞顶，后滴到地面，因此石钟乳算是双胞胎老大，而石笋则是老二。石钟乳和石笋一个向下、一个向上相对生长，当它们连成一体时，就形成了石柱。
除了特别干旱的年份洞顶不再向下滴水外，石笋一般每年都会生长。随着季节的变化，洞顶滴下的水里含的物质成分不同，这样一来，与树木形成的树轮一般，石笋也会形成自己的年轮，通过年轮还可以数出石笋的年龄呢！许多石笋是很久之前形成的，后来由于没有滴水就不再生长，成为“死掉”的石笋，而研究人员有办法准确地测出这些石笋生长的年代。例如，科学家对北京苦栗树洞的石笋进行了研究，通过测定石笋中的同位素含量，计算出这根石笋生长在11 000年前。这个时期全球正由冰期转为间冰期，发生了一次突然的降温事件，科学家利用一层层数“年轮”的方法准确鉴定出这次降温后仅用38年就回温了。
为什么石笋可以反映气候变化的科学故事点评随着气候的变化，石笋石灰质中含有的物质也会变化，科学家测定这些物质的变化，能够复原过去的气候变化情况。中国有许多石灰岩洞穴，其中生长了大量的石笋，成为古气候研究的重要材料。比如贵州的董歌洞、南京的葫芦洞、北京的石花洞以及甘肃的万象洞等，都是利用石笋研究古气候的“风水宝地”。桂林山水之中大量的溶洞也正等着科学家去深入研究。现在世界各地的科学家都在研究这些石笋，并且已经取得了大量科学成果。例如，中国的石笋已经被用来连续重建过去几十万年的气候变化历史。由于能够准确的定年，石笋也被认为可能成为深海沉积物、冰芯和黄土之后的又一古气候研究支柱材料。
