新生儿衣原体感染主要通过产道时获得，剖宫产时感染也有报道。新生儿的感染大多来源于分娩时所经产道，其母生殖道衣原体检测往往阳性。
孕期有慢性子宫内膜炎或有羊膜早破时，可发生上行感染。
1、感染性：
衣原体(原始小体)侵入人体后，首先附着宿主上皮细胞表面的外膜受体，通过细胞的吞饮作用进入细胞，进入细胞后原始小体体积增大成网状小体，依靠宿主细胞的营养物质，以二分裂的方式进行增殖成新的原始小体，并形成含有众多原始小体的包涵体(inclusion)，最终包涵体膜胀破，释出原始小体再扩散感染邻近的上皮细胞。
2、破坏宿主：
衣原体寄生于宿主细胞可直接抑制宿主细胞的代谢，溶解寄生细胞，释放溶酶及各种代谢产物，激发机体的免疫反应造成损伤。由于机体对衣原体的特异性免疫力弱，持续时间短，故衣原体易发生反复持续感染。
1、一旦确诊为新生儿沙眼衣原体结膜炎，爸爸妈妈就要重视了，这是一种病程较长的疾病。医生一般采用局部用药(点眼药水或抹眼药膏)和全身用药结合的方法治疗，为的是缩短病程，减少并发症，避免转为重症和慢性结膜炎。
2、新生儿衣原体感染的患儿需要继续母乳喂养，因为母乳中含有很多免疫因子，可增强免疫力，同时正确添加辅食，加强营养和护理。患儿的饮食对本病无有效辅助治疗效果，所以正常饮食即可。
3、新生儿眼炎早期经适当的治疗，一般不会发生并发症。
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