必须早期、足量、足疗程治疗。由于各种真菌对于药物的敏感性有一定的差异，有条件时应做药物敏感试验。根据试验结果选择抗真菌类药物。小儿要根据医生诊断后，适当减量。常用的抗真菌药有：
（1）两性霉素B（AmB）：为广谱第一线抗真菌药物，口服不能吸收，必须由静脉滴入。
（2）两性霉素B脂质体：用于无法耐受传统两性霉素B制剂的患儿、肾功能严重损害、不能使用传统两性霉素B制剂的病例。
（3）氟胞嘧啶（5Fc）：对念珠菌、隐球菌及曲菌的少数菌株有效。疗效比两性霉素差，临床常二者联合应用。本品易产生耐药性，口服吸收良好。
（4）克霉唑：对念珠菌、隐球菌、曲菌及荚膜组织胞浆菌均有良好的抑菌作用，不易产生耐药性，口服吸收快。
（5）伏立康唑：具有广谱抗真菌作用，尤其是对侵袭性曲霉菌有效。
（6）酮康唑：对念珠菌、新型隐球菌、荚膜组织胞浆菌、球孢子菌有抗菌作用。口服吸收好，毒性小，疗效好，不损害肾功能，与AmB合用能增加杀菌能力。本药不能通过血脑屏障。
（7）伊曲康唑：用于曲霉菌、念珠菌属、隐球菌属和组织胞浆菌等感染的预防治疗。
（8）氟康唑：用于非粒细胞减少者的深部念珠菌病。
（9）卡泊芬净：用于侵袭性念珠菌病、念珠菌血症及侵袭性曲霉菌病。
（10）球红霉素：疗效类似AmB，但毒性较AmB低。口服不能吸收，必须由静脉滴注。
治疗原发病，增加营养，适量给予多种维生素。输血或血浆、免疫球蛋白、转移因子、胸腺素等，根据病情应用。在应用抗真菌药物的同时，应积极治疗可能存在的基础疾病，增强机体免疫功能。
肺空洞型曲菌球病且有反复咯血者，可行外科手术切除。手术方式以肺叶切除术为宜，尽量避免全肺切除术。
中草药：黄连、黄柏、黄芩、黄精、山豆根、一支黄花、土大黄、土荆皮等有抗真菌作用。
治疗注意事项
1、小儿真菌性肺炎是指由真菌引起的肺部感染，它占所有内脏真菌感染的首位，虽然比较少见，但常在许多全身性疾患基础上发生，可使诊断及治疗困难，故在临床工作中有一定重要意义。近10～20年来由于广泛应用广谱抗生素，细胞毒性药物及肾上腺皮质激素，其发病率及临床重要性正在不断增加，并日益受到重视。
2、对可疑病例作详细的体格检查，必要时可作咽拭子，大小便，血液等的真菌培养。
3、长期输液，静脉插管，输注高营养液，气管插管等均应严格按无菌操作进行。
4、根据感染的真菌类型和感染的严重程度，预后不同。院内感染或合并呼吸衰竭者病死率较高。
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