杞菊地黄丸的成分是枸杞子、菊花、熟地黄、酒萸肉、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻。辅料为蜂蜜。而明目地黄丸的成分则是包含熟地黄、山茱萸(制)、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻、枸杞子、菊花、当归、白芍、蒺藜、石决明(煅)，辅料为蜂蜜。
明目地黄丸具有滋肾，养肝，明目的功效。因为明目地黄丸中含有蒺藜和石决明，因此它对于眼睛疾病的治疗效果更好。而杞菊地黄丸具有滋肾养肝的功效。它主要用于肝肾阴亏，眩晕耳鸣，羞明畏光，迎风流泪，视物昏花等疾病的治疗。杞菊地黄丸侧重于滋阴和养肝。
明目地黄丸与杞菊地黄丸的用药禁忌也是不一样的。明目地黄丸适用于大部分眼睛疾病。但是暴发火眼者一定不能使用明目地黄丸，否则会损伤患者的眼睛。而有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者在服用杞菊地黄丸的时候需要咨询医生。
