如果脱肛继发于便秘、腹泻等疾病，就要积极治疗这些原发病，原发病治好了，脱肛多能痊愈。治疗期间不能蹲位排便，要立位、侧卧位或仰卧位排便，小婴儿可直着腿把屎把尿，大小孩可坐高盆排便，就是把便盆放在高椅子上拉屎。如能坚持1～2个月，多数脱肛可以痊愈。如改变排便方法后脱肛未愈则可行手法复位，用纱布折成厚垫，压住肛门，用粘膏将两臀拉紧粘牢，令小儿卧床1～2周，坚持卧位排便，多可痊愈。
当直肠脱出后，家长应及时使其复位，以免脱垂部位充血、水肿给复位带来困难。让患儿趴在家长的膝上，家长的手指涂上石蜡或麻油，然后缓慢地将脱出的套肠纳入肛门内，然后清洁肛周皮肤，用吊带将纱布垫固定于肛门两侧。若脱出时间长，脱出部位充血水肿，复位有困难，家长应立即带小孩到医院诊治。对多次用保守治疗仍有复发的脱肛小儿，直肠旁酒精注射疗法有效。
脱肛的发生与腹肌和肛周肌肉的松弛有关，故应注意加强这两部分肌肉的锻炼，增加其收缩力。在家庭中可采用起坐法，即在家长的看护下，将小孩臀部及大腿用力夹紧、伸直，然后让小孩由平卧位慢慢坐起。若小孩不能完全靠自己坐起，则家长可助其一臂之力。让小孩坐起后再躺下，连续3~6次，每天做2~3次。也可采用爬行法，要求两手臂放开，腹部着床，臀部及大腿、小腿用力夹紧，伸直，利用腹部和臀部肌肉的收缩，一起一伏，蠕动向前，引导小孩向前面爬行，以提高腹肌和肛周肌肉的收缩力量，达到治疗脱肛的目的。
将药液注射到直肠黏膜下层，使黏膜与肌层粘连，或将药液注射到直肠周围，使直肠周围组织，经药液刺激与直肠产生粘连而使直肠固定，不再脱垂而痊愈，如用药过量或用刺激性过大的药物，易引起黏膜坏死，也可因注射不当引起感染、脓肿、直肠壁坏死等并发症，故在应用注射疗法时应慎重。
取五倍子、地榆和土黄连各50克(五倍子具有收敛消炎作用，地榆具有凉血解毒作用，土黄连具有清热去湿作用)，水煎外洗，趁热坐浴20分钟，使药力直接作用于病变部位，一般洗几次就可见效。
推拿疗法
让患儿取仰卧位，家长用右手掌根部按顺时针方向，揉丹田穴(脐下3指)300次。揉时掌根不要在皮肤上滑动，以免损伤皮肤。患儿取俯卧位，家长用右手食指罗纹面揉长强穴(尾骨尖与肛门间的凹陷处)，顺时针方向揉200次，7~10天为一疗程。经1个疗程的推拿，即可见效。
不能复位的嵌顿性脱肛，或脱出肠段发黑坏死者，可局部热敷，用抗生素湿敷，插入肛管排气洗肠，待其自行恢复或脱落。否则须切除脱出部，边切边缝，或用电刀切除，出血量均较多，并且术后感染与狭窄的机会很大。肛门括约肌松弛或收缩无力者，脱垂部分切除后仍可复发，如脊膜膨出术后形成的脱肛，须作肛门括约肌成形术。或用银丝箍绕在肛门周围的皮下组织内，称肛门周围箍绕术。对一些严重的直肠脱垂患儿，根据其具体情况可考虑行直肠悬吊术，或经骶肛提肌紧缩等手术。
排便后直肠脱出而不能自行回纳的严重脱肛病儿，家长可用右手拇指轻轻地按压住脱出的直肠表面，然后稍稍用力将其回纳。对于复位后又立即脱出者可在复位后用纱布叠成厚垫压住肛门，然后再用胶布将两侧臀部横向拉紧粘固，并让病儿卧床休息。1~2个月后，大部分病儿都能康复。
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