久芝清心丸的副作用尚不明确。
久芝清心丸主要由大黄、黄芩、桔梗、山药、丁香、牛黄、麝香、冰片、朱砂、雄黄、薄荷脑中药组成的复方制剂。久芝清心丸临床使用，暂无不良反应的报道。但方中大黄泻下作用强，朱砂为汞的化合物，汞与蛋白质中的疏基有特别的亲合力，高浓度时，可抑制多种酶和活动。进入体内的汞，主要分布在肝肾，而引起肝肾损害，并可透过血脑屏障，直接损害中枢神经系统。因此，使用时应该通过正常的渠道购买，以免引起不良反应。
药方分析：本方由11味药组成。方中大黄苦寒，功善泻火通便，凉血解毒，逐瘀，为主药。牛黄、黄芩、雄黄寒温并用，均有解毒之功;薄荷清轻凉散，善于疏散风热、清利头目;桔梗苦辛可宣肺化痰利咽，共为辅药。麝香、冰片开窍醒神;丁香温中降逆，且防苦寒之品败胃;山药益气养阴，且防火热耗气伤阴，同为佐药。诸药合用，共奏清热解毒、泻火开窍、泄下通便之功。
