南瓜子中含有大量的油脂，平时吃太多，摄入的油脂过没消耗，就会变成脂肪积聚在人体内，从而导致身体发胖。所以，平时应应该控制吃南瓜子的量，正常人一次不应超过50克。消化不好和本身易胖体质的人，则最好不要吃。
南瓜子是一种热性食物，且它多少炒制食用，这样食用就更容易因热上火，出现口干舌燥、流鼻血的现象。
南瓜子通常都是炒熟之后吃的，食物中的盐含量和热量都很高。如果人们吃太多就会导致胃热，可能出现许多不良症状，如恶心和呕吐，严重的情况下会引起头晕和昏厥，这对于自身的健康危害很大。
南瓜子吃多了可能会中毒，会伤害人体的肝脏，导致肝功能下降，可能诱发多种肝病的出现，可能出现肝炎，或者肝内脂肪堆积出现脂肪肝。肝脏负责人体的排毒，影响自己身体的循环排泄，出现这种情况对于健康造成不利影响。
